现为公安九课少校的草薙素子（坂本真绫配音），按照课长荒卷大辅（塾一久配音）的指示外出调查运输机被神秘并机的事件。结果途中遭到巴特（松田健一郎配音）率领的武装分子的袭击。与此同时，遍布全国的交通管制系统也意外瘫痪。一切源于前七八联合部队的长官曾我和哉（泽木郁也配音），他因制造难民虐杀事件遭到国家指控，而他的下属坚信这一切都是国家阴谋。曾我不甘被污，因此试图通过网络揭露大国的丑行。素子在调查过程中渐渐了解真相，而她也朝着组建自己的部队迈出重要的一步…导演采用平实的艺术手法。影像修复技术为历史研究提供工具，全彩处理让历史更加生动，画面呈现增强真实感。但技术使用保持克制，整体色调追求历史真实。整体场面注重人文意义。色彩运用体现严谨理念，声音设计追求内敛风格。　　本片为攻壳机动队前传“ARISE”的第二部。