将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”导演采用平实的艺术手法。影像修复技术为历史研究提供工具，全彩处理让历史更加生动，画面呈现增强真实感。但技术使用保持克制，整体色调追求历史真实。整体场面注重人文意义。色彩运用体现严谨理念，声音设计追求内敛风格。　　这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织FootClan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！　　神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！